Mặc dù chữ Quốc ngữ đã ra đời từ giữa thế kỷ 17, nhưng các văn phẩm Công giáo tại Việt Nam trong hơn 200 năm sau đó chủ yếu được viết bằng chữ Nôm, Hán ngữ hoặc La ngữ.[23] Khi người Pháp củng cố nền cai trị tại Việt Nam thì chữ Quốc ngữ được đặt làm văn tự chính thức trên toàn Việt Nam vào đầu thế kỷ 20. Chữ Quốc ngữ cũng được các trí thức và phong trào yêu nước cổ vũ để phổ biến tư tưởng canh tân và tinh thần độc lập. Do hạn chế về tài liệu và với các mục đích khác nhau trong thời Pháp thuộc mà cả người Pháp và nhà báo Nguyễn Văn Vĩnh[24] đã ca tụng Alexandre de Rhodes như là người sáng tạo nên chữ Quốc ngữ. Sau này, nhờ tiếp cận và nghiên cứu tư liệu gốc, các học giả thời Việt Nam Cộng hòa như Đỗ Quang Chính, Thanh Lãng, Nguyễn Khắc Xuyên, Lê Ngọc Trụ bắt đầu minh định rằng chữ Quốc ngữ là một thành tựu tập thể của các tu sĩ Dòng Tên tại Việt Nam. Việc ngày nay lại vẫn đặt câu hỏi ai đã tạo ra chữ Quốc ngữ là "đang đi thụt lùi".[25]

Năm 1941, Hội Trí Tri cùng với Hội Truyền bá Quốc ngữ đã quyên góp để dựng một tấm bia kỷ niệm ngày sinh nhật thứ 350 của giáo sĩ Đắc Lộ ở gần bên bờ hồ Gươm trước cửa Đền Bà Kiệu. Bia này đến năm 1957 thì bị gỡ bỏ và mất tích đến năm 1995 thì mới tìm lại được.[26] Hai năm sau, năm 1943 chính quyền thuộc địa Đông Dương phát hành con tem 30 xu để tôn vinh những đóng góp của ông trong quá trình phát triển chữ Quốc ngữ. Thời kỳ Việt Nam Cộng hòa cũng phát hành một bộ bốn con tem kỷ niệm 300 năm ngày mất của ông, nhưng ra trễ 1 năm (phát hành ngày 5 tháng 11 năm 1961). Tên ông được đặt cho một trường trung học và một con đường ở Sài Gòn gần Dinh Độc Lập. Con đường mang tên ông bị đổi thành Thái Văn Lung năm 1985; vào năm 1995, sau một hội thảo chính thức của Hội Khoa học Lịch sử,[27] con đường này lấy lại tên Alexandre de Rhodes cho đến nay.[10][28]

Ngày 5 tháng 11 năm 2018, đúng 358 năm sau ngày mất của Alexandre de Rhodes, Giáo sư Nguyễn Đăng Hưng, Tiến sĩ Khảo cổ học Nguyễn Thị Hậu cùng 17 người Việt Nam là nhà văn, nhà thơ, nhà báo, doanh nhân, và những người quan tâm đến việc bảo tồn Chữ Quốc ngữ, đã khánh thành 3 tấm bia tri ân đặt quanh mộ ông tại nghĩa trang Armenia, thành phố Isfahan, Iran. Buổi lễ còn có sự tham dự của ông Mazaheri (đại diện cộng đồng Hồi giáo tại Isfahan – cộng đồng chủ quản), Ông Gestabian (đại diện cộng đồng Cơ Đốc giáo Armenia tại Isfahan), Bà Gukasian (trưởng phòng quan hệ dân chúng nhà thờ VANK). Trên bia đá có ghi dòng chữ tri ân bằng tiếng Việt, tiếng Anh, tiếng Ba Tư.[29]